Validation of two ribosomal RNA removal methods for microbial metatranscriptomics
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Identification and removal of ribosomal RNA sequences from metatranscriptomes
SUMMARY Here, we present riboPicker, a robust framework for the rapid, automated identification and removal of ribosomal RNA sequences from metatranscriptomic datasets. The results can be exported for subsequent analysis, and the databases used for the web-based version are updated on a regular basis. riboPicker categorizes rRNA-like sequences and provides graphical visualizations and tabular o...
متن کاملEvaluation of Ribosomal RNA Removal Protocols for Salmonella RNA-Seq Projects
Next generation sequencing is a powerful technology whose application in sequencing entire RNA populations (RNA-Seq) of food-borne pathogens will provide valuable insights. A problem unique to prokaryotic RNA-Seq is removal of ribosomal RNA. Unlike eukaryotic messenger RNA (mRNA), bacterial mRNA species are devoid of polyadenylation at the 3’-end and thus the approach of affinity enrichment of ...
متن کاملislanding detection methods for microgrids
امروزه استفاده از منابع انرژی پراکنده کاربرد وسیعی یافته است . اگر چه این منابع بسیاری از مشکلات شبکه را حل می کنند اما زیاد شدن آنها مسائل فراوانی برای سیستم قدرت به همراه دارد . استفاده از میکروشبکه راه حلی است که علاوه بر استفاده از مزایای منابع انرژی پراکنده برخی از مشکلات ایجاد شده توسط آنها را نیز منتفی می کند . همچنین میکروشبکه ها کیفیت برق و قابلیت اطمینان تامین انرژی مشترکان را افزایش ...
15 صفحه اولValidation of methods for Low-volume RNA-seq
1 Recently, a number of protocols extending RNA-sequencing to the 2 single-cell regime have been published. However, we were concerned that 3 the additional steps to deal with such minute quantities of input sam4 ple would introduce serious biases that would make analysis of the data 5 using existing approaches invalid. In this study, we performed a critical 6 evaluation of several of these low...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Nature Methods
سال: 2010
ISSN: 1548-7091,1548-7105
DOI: 10.1038/nmeth.1507